Инкубационный период клещевого энцефалита может длиться от нескольких дней до 3 недель, в среднем же, как правило, составляет 2 недели. В течение заболевания выделяют 3 основных периода: начальный, период неврологических расстройств и исхода (это выздоровление, либо переход в хроническую форму, либо смерть больного).

Начальный период клещевого энцефалита продолжается в среднем около 1 недели и характеризуется, главным образом, развитием общетоксических признаков. Наблюдается появление головной боли, нарушений сна, корешковых болей, чувства онемения кожи лица или туловища, различные психические нарушения. Значительно чаще заболевание начинается и развивается остро с повышением температуры тела до 39-40 С, ознобами, мучительными головными болями, болями в области поясницы и конечностей, в глазных яблоках, гиперестезиями, фотофобией, общей резкой слабостью. Возможны тошнота и повторная рвота. При осмотре больных отмечают их заторможенность, иногда сонливость, оглушенность, но сознание сохранено. Разлитая гиперемия захватывает кожу лица, шеи, груди, склеры инъецированы. Слизистые оболочки верхних дыхательных путей также гиперемированы. Тоны сердца приглушены, пульс урежен, артериальное давление снижено. Язык обложен, часто дрожит при высовывании, живот сильно вздут, перистальтика кишечника ослаблена, склонность к запорам.

Период неврологических расстройств при клещевом энцефалите начинается с возникновения неврологических нарушений в виде парестезий, парезов конечностей, эпилептиформных припадков, которые могут развиться уже в первые дни болезни. В соответствии с выраженностью неврологической симптоматики различают лихорадочную, менингеальную, менингоэнцефалитическую клинические формы заболевания.

Лихорадочная формаклещевого энцефалита проявляется общетоксическим синдромом, имеет доброкачественное течение и заканчивается выздоровлением.

При менингеальной форме клещевого энцефалита у части больных на фоне высокой лихорадки и других признаков общей интоксикации уже с первых дней болезни появляются менигеальные симптомы: при исследовании спинномозговой жидкости определяют признаки серозного менингита – повышенное давление ликвора, лимфоцитарный плеоцитоз и небольшое увеличение белка. Течение менингита доброкачественное.

Менингоэнцефалитическая формаклещевого энцефалита дает следующую картину: на фоне общетоксических и менингеальных симптомов наблюдают ранние нарушения сознания вплоть до развития глубокой комы. Возможны психомоторное возбуждение, бред, галлюцинации. В зависимости от зоны поражения ЦНС развиваются спастические парезы конечностей, парезы лицевого, подъязычного нервов с проявлениями нарушения функции мимической мускулатуры, птоза, страбизма, диплопии, пареза мягкого неба, афонии, нарушений глотания. Двигательные нарушения исчезают медленно, в течении месяцев.

При более глубоком поражении в дальнейшем развивается выраженная атрофия отдельных групп мышц плечевого пояса, груди, конечностей.

Двухволновой менингоэнцефалит развивается после энтерального заражения. Заболевание описано в 1951-1954 г. г. А. А. Смородинцевым и М. П. Чумаковым под названием молочной лихорадки. Для этого варианта клещевого энцефалита характерна двухволновая температурная реакция с продолжительностью каждой волны от 2 дней до 1 нед. и 1-2 недельными интервалами. Первую волну лихорадки сопровождают общетоксические симптомы, во время второй волны к ним присоединяются менингеальные и общемозговые признаки. Течение этой формы благоприятное, отличается быстрой положительной динамикой и отсутствием остаточных явлений.