При трансмиссивном пути заражения энцефалитом (т.е. при проникновении инфекции в организм через кровь) возбудитель проникает в организм человека через кожу (укусы  клещей). Но также существует  алиментарное заражение энцефалитом, которое происходит через слизистые оболочки желудочно-кишечного тракта.

Первичное размножение вируса происходит в области входных ворот в течение инкубационного периода заболевания. Развитие клинических проявлений болезни совпадает с началом проникновения вирусов в лимфатические узлы, внутренние органы и центральную нервную систему. Механизм цитопатического (т.е. изменяющего структуру клеток) действия вируса на нервные клетки пока остается недостаточно изученным. Полагают, что после поступления в центральную нервную систему вирус фиксируется на клетках, вызывая воспалительную реакцию с быстрым развитием отека, расширением и увеличением сосудов, гемморагиями, нарушениями микроциркуляции крови  и ликвородинамики.

Процесс захватывает серое вещество в самых различных отделах головного и спинного мозга, в первую очередь поражаются двигательные нейроны, корешки периферических нервов, мягкие оболочки мозга. Некробиоз (отмирание) нервных клеток наиболее активен в ретикулярной формации, ядрах черепных нервов, в передних рогах шейного отдела спинного мозга. Клинически указанные повреждения проявляются развитием вялых порезов и параличей.

При алиментарном заражении вирус очень  быстро проникает во внутренние органы, где происходит его репликация (очень быстрое развитие и размножение). Таким образом, организм после удвоения вируса испытывает повторную вирусную атаку. вследствие чего может произойти непоправимое поражение центральной нервной систему, влекущее за собой летальный исход.